Esta Subdirección tenía como misión, Planificar, Organizar y Controlar la estructuración y adiestramiento académico, militar y técnico-profesional del personal de la Fuerza Aérea, de acuerdo con su doctrina básica, desarrollando estudios e investigaciones en el campo de la Pedagogía, Psicología Educacional y Tecnología, tendientes al mejoramiento del conocimiento y actividades de la Fuerza Aérea.

En 1985, la Subdirección General de Instrucción, se trasladó hacia las instalaciones del Comando General, permaneciendo así hasta 1987, cuando cambia su denominación a Dirección General de Instrucción, siendo su primer Director, el señor Coronel Guillermo Chiriboga Vásconez.