Consecuencia de las gestiones realizadas durante 1989, se creó la Dirección de Educación, cuya finalidad fue la de formar a elementos capaces de desenvolverse con idoneidad al servicio de una sociedad moderna, apoyando para que el rol de la Fuerza Aérea, fuese esencial en el progreso del país, este Organismo se encargaba de la capacitación, tanto en el país como en el exterior, con actividades relevantes como:

Programa de Adiestramiento en el Trabajo (AET); Plan de Cultura Física para el personal de la Fuerza Aérea, gestión de becarios en la entonces Escuela Politécnica del Ejército (ESPE); asímismo, más tarde, pasaron a formar parte de la Dirección de Educación las unidades educativas de, Quito, Guayaquil, Manta, Taura y Latacunga, que junto a la Escuela Superior Militar de Aviación “Cosme Rennella B.”, Escuela Técnica de la Fuerza Aérea, Academia de Guerra Aérea, Escuela de Perfeccionamiento de Aerotécnicos y la Escuela de Infantería Aérea, incrementaron el sistema educativo. Esta Dirección, funcionó en el Comando General hasta el 17 de febrero de 2007, fecha en que se traslada a las instalaciones de la Primera Zona Aérea, siendo su último Director, el señor Brigadier General Alonso Espinosa Romero.